Harri Lähdesmäki louhii sairauksien jälkiä datamassoista

05.11.2017

Laskentatieteilijän tutkimus auttaa ymmärtämään tyypin 1 diabeteksen, astman ja Alzheimerin taudin mekanismeja ja ennustamaan niiden puhkeamista.

Harri Lähdesmäen aineistoissa voi olla miljardeja tiedonjyviä. Kuva: Anni Hanén

Professori Harri Lähdesmäki, mitä tutkit ja miksi?

Tutkimusalani on laskennallinen biologia ja bioinformatiikka, eli käytän laskennallisia menetelmiä biotieteiden ja lääketieteellisten ongelmien ratkaisemisessa. Yksi alani tunnetuimpia esimerkkejä on genomitutkimus, jossa perimästä yritetään löytää vihjeitä siitä, onko yksilöllä riskiä sairastua tiettyyn tautiin. Aineistot, joiden kanssa työskentelen, ovat valtavia. Ihmisen genomi koostuu noin kolmesta miljardista A-, C-, G- ja T-typpiemäksestä, ja yhdestä mittauksestakin analysoitavia tiedonjyviä voi tulla satoja miljoonia tai jopa miljardeja.

Monet tutkimukseni liittyvät autoimmuunisairauksiin, kuten tyypin 1 diabetekseen, reumaan ja astmaan. Mittausaineistona voi olla staattinen, ihmisen solun sisällä oleva perimä tai dynaamisesti muuttuva geenien ja proteiinien ilmeneminen, joka liittyy sairauden kehittymiseen ja ympäristön vaikutuksiin. Kun teemme tällaisia mittauksia isoille ryhmille terveitä ja sairaita, voimme laskentamenetelmien avulla löytää ne proteiinit, jotka liittyvät sairauden syihin. Tämä voi auttaa sairauden aikaisessa diagnosoinnissa ja tulevaisuudessa jopa ehkäistä sen puhkeamisen.

Miten päädyit tutkijaksi?

Pienenä en haaveillut tutkijanurasta vaan halusin ja vähän tulinkin urheilijaksi. Olin kuitenkin jo lukiossa kiinnostunut luonnontieteistä, ja opintojen aikana innostuin laskennallisista tieteistä ja matematiikasta ja niihin liittyvistä ongelmista. Halusin löytää ratkaisuja ja soveltaa tietoa. Tutkijankipinä syttyi lopullisesti tehdessäni väitöskirjaa bioinformatiikasta, joka on yhdistelmä laskentatieteitä, sovellettua matematiikkaa ja lääketieteen ja biologian käytännön ongelmia.

Mitkä ovat olleet urasi kohokohtia?

Ehdottomasti sellaiset tutkimukset, joissa olen oikeasti pystynyt hyödyntämään omaa laskennallista osaamistani biologisten ongelmien ratkaisemisessa – käyttämään omia vahvuuksia yhteisen hyvän edistämiseen. 

Mikä on tutkijan tärkein ominaisuus?

Aito innostus on tietysti ykkönen.  Minua on auttanut myös tietynlainen sinnikkyys – sitä tarvitaan niinä hetkinä, kun innostus on kadoksissa ja tutkimuksessa tulee takapakkia. Tutkimus on vahvasti poikkitieteellistä, eli työskentelen paljon lääkäreiden ja biologien kanssa.  Siksi on aivan olennaista, että osaan tehdä yhteistyötä eri alojen asiantuntijoiden kanssa.

Mitä odotat tulevaisuudelta?

Olisi hienoa, jos saavuttaisin sellaisen terveyteen liittyvän edistysaskeleen, joka näkyisi ihmisten arkielämässä. Työni on vahvasti perustutkimusta, eikä sitä ihan heti nähdä terveyskeskusten arjessa. Sairastumisriskiä ennustavien biomarkkerien löytäminen tulee kuitenkin ehkäisemään vakavia sairauksia tulevaisuudessa.

Harri Lähdesmäki ja muut Aallon uudet vakinaistetut professori kertovat tutkimuksestaan 15. marraskuuta järjestettävillä luennoilla. Tervetuloa mukaan! Lisätietoa täällä.